Los pesticidas aplicados a los cultivos pueden entrar en el suelo y las aguas superficiales y percolar hacia el agua subterránea. Esto puede llevar a la pérdida de biodiversidad en los ecosistemas terrestres y acuáticos, en particular de las especies de insectos que no son el objetivo de los pesticidas. Como resultado, la polinización, la formación y composición del suelo y la calidad del agua potable pueden verse perjudicados.

Los residuos de pesticidas en los alimentos también pueden representar un riesgo para la salud humana, mientras que los residuos en la alimentación animal pueden dañar a los animales y entrar en la cadena alimentaria. Se han planteado inquietudes particulares sobre los impactos en la salud de la exposición humana a pesticidas con propiedades de alteración endocrina y los costos asociados a la salud humana.

Según Eurostat, en 2014 se vendieron alrededor de 400 000 toneladas de pesticidas en la UE, siendo los mercados más grandes España, Francia e Italia. Los pesticidas más vendidos fueron los fungicidas y bactericidas. La Directiva de la UE sobre el uso sostenible de pesticidas busca reducir los riesgos e impactos del uso de pesticidas en la salud humana y el medio ambiente. También tiene como objetivo promover el uso del manejo integrado de plagas y de enfoques o técnicas alternativas, como las alternativas no químicas a los pesticidas. Los Estados miembros de la UE han elaborado planes de acción nacionales para aplicar la Directiva.